Ученый совет является консультативно-совещательным органом управления университетом. Председатель Ученого Совета – Президент-Ректор университета, к.ф-м.н.(PhD) Байжуманов Мухтар Казбекович.
Деятельность Ученого Совета университета основывается на принципах гласности и коллективного обсуждения вопросов, входящих в его компетенцию. Ученый совет создается приказом Президента-ректора Университета.
В своей деятельности Ученый совет руководствуется законодательством Республики Казахстан, Уставом КазУТБ, а также Типовыми правилами деятельности Ученого совета высшего учебного заведения (Приказ и.о.Мнистра образования и науки РК от 22.11.2007 г., № 574).
Ученый совет организует свою работу на основе утвержденного плана, разрабатываемого на соответствующий учебный год.
В состав Ученого совета входят Президент-Ректор, проректоры, деканы факультетов, руководители структурных подразделений, а также по представлению ректората могут быть включены высококвалифицированные специалисты, работающие в университете, внесшие серьезный вклад в развитие университета и конкретной области знаний на международном или республиканском уровне.
Председатель Ученого совета назначает заместителя председателя Ученого совета. Заместителем председателя Ученого совета назначается проректор – исполняет обязанности Председателя в период его отсутствия. Другие члены Ученого совета избираются на общем собрании Университета тайным голосованием.